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    當前位置：模擬計算 ?  分子動力學 ? 

    分子動力學-同源建模

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    分子動力學-同源建模

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    如有各類設備采購需求，請聯系專屬顧問。
    項目介紹

    目前的獲得蛋白結構的方式主要有三種：X-ray，NMR和電鏡。如果實驗室沒有此條件，計算機模擬手段可以解決未知蛋白的三維空間結構，為您的課題提供助力；也可以通過同源建模或者從頭建模方式計算獲得空間三維結構，便于后期藥學、分子生物學等課題的開展。同源建模Homology modeling是利用已知的蛋白質三級結構為參照，分析氨基酸序列相近的新蛋白的三級結構的技術。給定氨基酸序列，通過Modeller等建模軟件獲取蛋白質建模三維結構，并通過分子動力學分析獲取初步的可靠蛋白結構。若同源相似性較低的蛋白，可以通過從頭建模Rosetta軟件進行預測蛋白三維結構。

    樣品要求

    1.       科研計算服務是一個探索的過程，其中存在不確定性。所有模擬計算只保證計算方法正確，至于結果是否完全符合客戶預期無法保證。

    （例如，DFT所用泛函本身采用了很多近似；另外當前的模擬方法也存在很多近似（例如OER過程的吉布斯自由能計算中會忽略掉催化劑的表面電荷富集效應與溶劑效應等），這 都有可能導致計算結果和實驗結果出現分歧（即某一問題可能是多種因素共同作用的結果，單純考慮其中某一作用不足以反應要研究的問題本質，目前也尚未有任何計算方法可以完全實現模擬仿真條件與真實實驗條件的完全一致，因此研究問題的哪個方面需要由客戶最終決定），因此，我們在計算過程中會盡可能減少可以避免的誤差，但是有些誤差受限于理論本身，不可避免，我們對此引發的后果不承擔任何責任。此外，分子力學或者分子動力學等基于分子力場的模擬計算重現性可能不如第一性原理計算，因此不保證兩次獨立的相同體系相同任務的模擬可以得到完全定量一致的結果，對此引發的分歧，我們不承擔任何責任）。

    2.       請提供關于結構或者實驗條件盡可能詳細的信息。

    比如材料中是否有缺陷，空位，是異質結，還是負載團簇模型等。如果不提供影響計算的關鍵信息，計算老師按著自己的理解去計算，由此導致的結果和費用，請客戶自行承擔。

    3.       原始數據保存6個月。

    由于超算平臺的數據吞吐量較大，因此原始數據我們無償為客戶保存6個月，超過6個月的原始數據將會被刪除，請客戶知曉。且在6個月內只提供原始數據，不再接受其他相關請求。

    4.       嚴格按照計算方案約定計算

    除本方案約定內容之外，客戶如有其他特殊需求，請提前告知。如果需要補充計算可以補充下單。本著學術嚴謹的態度，我們無法接受“人為調一下結果”，“調下參數使之更靠近我的預期”此類要求，所有計算結果尊重原始結果數據，敬請客戶不要提出這種要求。如果客戶下單后，又提出此類要求，我們有權利退單，由此造成的機時浪費及經濟損失由客戶承擔。

    5.       客戶如對計算結果有異議，可以申請復核。

    復核僅僅檢查“計算方法是否存在錯誤”，“計算參數是否不合理”，“數據導入過程是否存在失誤”等問題，如果上述檢查均沒有問題，則認定計算結果不存在理論上的錯誤，這種情況下，不接受任何無償性質的計算測試以及重新計算要求，請客戶知曉！

    項目案例
    常見問題
    1、Q1、如果計算結果與預期不符合怎么辦？

    1.科研計算服務是一個探索的過程，其中存在不確定性。服務方對理論計算得到的數據負責， 但不保證理論數據能夠與預期結果完全一致。如果需要可以對模型進行適當調整，調整過程中若增加計算或者大規模的重新計算，需增加計算費用，價格另行協商。

    2.模擬計算存在不確定性，我們對計算過程的正確性負責。計算開始之后會消耗軟件，機時以及人力成本，所以不支持退款，敬請諒解


    2、Q2、模擬計算項目服務范圍？

    1.計算完成之后提供所需的計算方法，計算結果數據和圖文，以及關于計算結果中疑問的解答；

    2.文章回復意見中模擬計算問題進行適當的解答，若返稿后需要增加計算，需另行收費。


    3、Q3、關于模擬計算下單流程是怎么樣的呢？

    1.如果是確定計算需求，可以直接在測試狗官網選擇相應的項目進行下單，提交訂單時需填寫具體的計算內容，預期結構，分子結構及相關的參考文獻。如果網站上沒有對應的項目請選擇【私人定制】并在需求中寫明具體計算內容；

    2.如果不能確定計算內容，可以直接聯系工作人員進行需求溝通。

    分子動力學-同源建模

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